Водородные связи влияют на физические (т.кип. и т.пл., летучесть, вязкость, спектральные характеристики) и химические (кислотно-основные) свойства соединений.

• Различают межмолекулярные и внутримолекулярные водородные связи, которые влияют на свойства вещества различным образом.

Межмолекулярные водородные связи обусловливают ассоциацию молекул, что приводит к повышению температур кипения и плавления вещества. Например, этиловый спирт C₂H₅OH, способный к ассоциации, кипит при +78,3°С, а диметиловый эфир СН₃ОСН₃, не образующий водородных связей, лишь при -24°С (молекулярная формула обоих веществ С₂Н₆О).
Образование водородных связей с молекулами растворителя способствует улучшению растворимости. Так, метиловый и этиловый спирты (CH₃OH, С₂Н₅ОН), образуя водородные связи с молекулами воды (гидратация спирта), неограниченно в ней растворяются. При увеличении размеров углеводородного радикала R в молекулах спирта ROH возникают пространственные затруднения для образования водородных связей. Поэтому с ростом числа атомов углерода в спиртах их растворимость в воде уменьшается.

Внутримолекулярная водородная связь образуется при благоприятном пространственном расположении в молекуле соответствующих групп атомов и специфически влияет на свойства. Например, водородная связь внутри молекул салициловой кислоты повышает ее кислотность.

Водородные связи и их влияние на свойства веществ
Водородные связи играют исключительно важную роль в формировании пространственной структуры биополимеров (белков, полисахаридов, нуклеиновых кислот), что в значительной степени определяет их биологические функции.
Пример: двуспиральная структура ДНК обусловлена водородными связями между азотистыми основаниями полинуклеотидных цепей.